故事内容延续第一部TV版《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
动画版将沿用游戏中的世界观，在一个名为“Master of Epic”的舞台上，4种不同种族的角色遇到各种各样不同挑战。不同于以往的作品只是讲述某个故事，该动画的每一话中都会出现7、8个CORNER从而展开主人公们的大冒险旅程，同时给人一种有趣好笑或是温馨感觉的多种多样的奇妙故事。另外，游戏曾经出现过的一些经典人物、种族也会相继登场。
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