繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯（威廉·菲德内尔 William Fichtner 饰）推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉
经历了上一集中的一番折腾后，舍曼教授（艾迪·墨菲 Eddie Murphy 饰）终于要结婚了，这位幸运的未婚妻不是别人，正是他的同事丹妮丝（珍妮·杰克逊 Janet Jackson 饰）。然而，就在这个节骨眼上，那个隐藏在教授脑中的“第二人格”布迪再度出现。为了期待已久的婚礼不被布迪破坏，教授决定好好对付一下自己的这位“老朋友”。没想到，教授的举动非但没能让布迪消失，甚至让他有了一个独立的身体，脱离了教授掌控的他明目张胆地侵入了教授的生活，并且夺走了教授辛劳多年的研究成果——能够让人短暂返老还童的血清。血
